各科室負責職掌如下：
依法務部處務規程第8條規定，本司各科（室）之職掌如下：
（一）視察室：現有6名視察人員（男5名、女1名），依矯正機關地區性質及機關數，分為北一區、北二區、中區、南一區、南二區及東區等六區。
1.監、院、所、校一般業務之視察及督導。
2.重要政策或部令執行之考核。
3.重大事故或突發事件之協調處理事項。
4.機關人事糾紛之調處。
5.員工風紀之查察與處理。
6.員工申訴案之調查與處理。
7.重要問題之反應或建議。
8.其他本部長官交辦事項。

（二）第一科（調查分類、教化）
1.監獄、技能訓練所、戒治所、少年輔育院、少年矯正學校、看守所及少年觀護所 (以下簡稱監、院、所、校) 對於受刑人、受處分人、受戒治人、學生、刑事被告及收容少年 (以上各類人員並列時統稱收容人) 調查分類、鑑別、個案調查及心理測驗之督導、審核事項。
2.收容人教化、輔導業務之督導、審核事項。
3.收容人之文康活動、體能訓練及分區管教業務之督導、審核事項。
4.收容人外出就學之審核事項。
5.受刑人強制診療與輔導業務之監督、考核事項。
6.外籍人犯之處理事項。
7.監、院、所、校洽請有關機關、團體或社會人士協助推行教化、藝文活動之督導、審核事項。
8.監、院、所補習教育教學計畫之督導、審核事項。
9.新聞、電影、電視、書刊有關教化資料之蒐集及教化教材之選列、購置事項。
10.優良教誨志工、導師及教化人員推薦表揚業務之督導、審核事項。
11.外籍人士申請或應邀參觀、採訪錄攝監、院、所、校之審核事項。
12.觀察勒戒處所及強制戒治處所業務之督導事項。 13.少年矯正學校教育之督導、審核事項。 14.其他有關調查分類、教化、少年矯正教育事項。

（三）第二科（假釋及累進處遇）
1.受刑人假釋、撤銷假釋、累進處遇、和緩處遇及縮短刑期等案件之審核事項。
2.強制工作受處分人累進處遇、免予及停止執行案件之審核事項。
3.受感訓處分人累進處遇及免予繼續執行案件之審核事項。
4.感化教育受處分人累進處遇之審核事項。
5.刑事被告及收容少年性行考核之督導、審核事項。
6.其他有關假釋、累進處遇事項及陳情案件。

（四）第三科（戒護）
1.收容人戒護之督導事項。
2.武器、彈藥、戒具、消防器材之使用、保養及防護訓練之指導、考核事項。
3.受刑人分類處遇、移禁之審核事項。
4.收容人不服監、院、所、校處分申訴事件之處理事項。
5.受刑人返家探視之審核事項。
6.受刑人與眷屬同住之審核事項。
7.收容人準備釋放之外出審核事項。
8.收容人脫逃、自殺、暴行或其他擾亂秩序事故之審核事項。
9.優良戒護人員表揚業務之督導、審核事項。

（五）第四科（總務）
1.監、院、所、校新建、遷建、擴建、整建計畫之研擬事項。
2.監、院、所、校工作計畫、工作報告之審核事項。
3.收容人生活設施及給養改進之研擬、審核事項。
4.收容人名籍事項。
5.收容人金錢、物品保管之督導事項。
6.監、院、所、校辦理敦親睦鄰之督導、審核事項。
7.其他有關監、院、所、校總務之監督事項。

（六）第五科（作業與技能訓練）
1.監、院、所作業或習藝計畫之督導、審核事項。
2.監、院、所作業或習藝勞作金及獎勵金給與之督導、審核事項。
3.監、院、所購置作業或習藝設備之督導、審核事項。
4.監、院、所承攬或委託加工契約之督導、審核事項。
5.收容人作業傷亡慰問金申請案件之督導、審核事項。
6.監、院、所、校設立附設職業訓練機構及訓練職類調整之規劃、督導事項。
7.監、院、所、校附設職業訓練機構辦理技能訓練及檢定之督導、審核事項。
8.收容人外出就業或參加職業訓練之督導、審核事項。
9.監、院、所、校作業導師及職業訓練師專業訓練之規劃、督導事項。
10.其他有關監、院、所、校作業、習藝或技能訓練事項。

（七）第六科（人事、醫療）
1.犯罪矯正制度之研究、規劃事項。
2.犯罪矯正法規制 (訂) 定、修正之研擬事項。
3.監、院、所、校業務之視察、督導及考核事項。
4.監、院、所、校及其他保安處分處所法官、檢察官視察報告之審核事項。
5.監、院、所、校職員專業訓練及常年教育之研擬、督導及審核事項。
6.監、院、所、校行政管理人員及管教勤務人員調配之審核事項。
7.監、院、所、校及其他保安處分處所設置、廢止之研擬事項。
8.其他有關監、院、所、校及其他保安處分處所業務之規劃、指導及監督事項。
9.收容人之疾病、死亡及保外醫治之審核事項。
10.監、院、所、校衛生及醫治之規劃、指導及監督事項。
11.不屬於本司其他各科之事項。

資料來源：嘉義舊監獄