矯正署長(職務列簡任第十三職等)綜理署務，並指揮監督所屬機關及人員；副署長(職務列簡任第十二職等)襄助署長處理署務。
主任秘書(職務列簡任第十一職等)權責如下：文稿之綜核及代判、機密及重要文件之處理、各單位之協調及權責問題之核議、重要會議之籌辦、等其他交辦事項。
矯正署設下列組、室：綜合規劃組、教化輔導組、安全督導組、後勤資源組、矯正醫療組、秘書室、人事室、政風室、會計室、統計室及51所矯正機關(監獄、看守所、戒治所、少年觀護所、矯正學校等)。
依法務部矯正署組織法第2條規定矯正署掌理事項如下：
一、矯正政策、法規、制度之規劃、指導及監督事項。
二、矯正機關收容人調查分類、鑑別之規劃、指導及監督事項。
三、矯正機關收容人教化、性行考核、輔導、教導、教務、訓導、社會工作、累進處遇、假釋、撤銷假釋之規劃、指導及監督事項。
四、矯正機關收容人衛生、藥癮治療、戒護之規劃、指導及監督事項。
五、矯正機關收容人作業、技能訓練之規劃、指導及監督事項。
六、矯正機關之設置、裁撤、整併、人力調配與其他以拘束人身自由為目的保安處分處所之規劃、指導及監督事項。
七、矯正機關設置補習學校與進修學校分校之規劃、指導及監督事項。
八、矯正人員教育、訓練、進修、考察之規劃、指導及監督事項。
九、矯正資料之蒐集、整理及研究編譯事項。
十、矯正管理資訊系統之規劃、建置、推動及監督事項。
十一、其他有關矯正事項。

資料來源：嘉義舊監獄