主管監獄的機關在漢代時置延尉掌理監獄事務，後改為大理。晉代置廷尉主管刑法獄訟、設有獄屋。唐朝京師各州府縣均設獄，宋代初年，御史專門治理獄
事，後改由大理寺接管。宋太祖普設囚犯病院及復置提點刑獄司，督察州府獄政。元代於刑部設司獄司，下設監獄，我國刑部設監獄，即從此開始 。元代獄政管理均詳細規定於大元通制「恤刑門」，明代司法案件分由刑部、都察院與大理寺分別執掌。刑部及都察院分別設置監獄，刑部設提牢廳，各省置提刑按察司司獄一人，各縣亦置司獄司專辦監獄事務。大理寺專責掌審讞平反，凡刑部、都察院、五軍斷事官所推問之獄訟，皆送大理寺覆審，故不設置監獄，最高審級法院不設置監獄即從此開始 。
清初刑部設獄庫及南、北所兩處監獄，獄庫置提牢主事，南北兩獄各置司獄。州縣亦設監，以吏目典史為管獄官。光緒32年將刑部改為法部，設典獄司，主管監獄事務。為改良司法監獄，創辦監獄學校，而且仿照外國監獄制度，於京師及各省城建立模範監獄，民國初年，北京政府依臨時約法，改法部為司法部，典獄司為監獄司，掌理全國獄政。惟此時行政監督體系係委任監督時期，北京
政府曾委任司法籌備處、道尹公署、京兆尹公署、高等檢察廳及縣知事等機關指揮監督監獄。民國16年北伐成功，司法部於民國17年公布監獄規則，明定全國監獄，皆屬司法行政部管轄。但司法行政部得委任各高等法院院長為各該省監獄之中間監督長官，部中設監獄司，掌理監獄一切事務。民國24年明定院長有監督監獄、看守所之權，並規定書記室設監獄科及其職掌。民國37年明定監所行政監督權劃歸院方，嗣後各監所應由該院長派員或委託該管直接監督長官，每旬視察一次。民國61年10月司法行政部為提升監獄督導效能，將高等法院管轄的各監獄，改為直接隸屬司法行政部，但當時各看守所及少年觀護所仍隸屬於地方法院，其後陸續改隸屬地方法院檢察署。民國69 年7 月1 日，政府為了健全司法制度，明確釐清司法權與行政權的分際，乃實施審檢分隸，將原隸屬於司法行政部的高等法院以下各級法院改隸於司法院，將司法行政部改制為法務部，仍隸屬於行政院迄今。現今法務部下設幕僚單位「監所司」主管獄政，在民國86年更名為目前的「矯正司」掌管目前49所矯正機關。民國86年為解決矯正機關「疊床架構」的監督單位（即是監獄、矯治學校、戒治所、少年輔育院、技能訓練所直屬法務部管轄，屬法務部之一級機關，主管單位為法務部矯正司，看守所、少觀所卻隸屬於「臺灣高等法院檢察署」，屬法務部之三級機關），立法院多位立法委員二度連署提案成立矯正署，期以建立完整的獄政監督體系，而均未能順利完成立法，獄政組織變革自此停滯，直到民國97年代王清峰部長上任後才有再次啟動成立矯正署之議。